Se estima que su área de distribución potencial abarca un poco menos de 100 kilómetros cuadrados, pero sus poblaciones son muy reducidas en superficie y en número de individuos, además de que sólo existen unas 15.
Ocupa áreas ligeramente onduladas o planas en la base de las laderas del sur de la Sierra del Doctor.
La acompañan en su hábitat especies como la gobernadora (Larrea tridentata), granjeno prieto (Condalia mexicana) y tullidora (Karwinskia humboldtiana).
El hábitat de esta especie se encuentra continuamente perturbado por rebaños de cabras que ramonean el follaje de varias de las especies acompañantes de Echinoceresus schmollii, además de que algunos de estos terrenos han sido desmontados para operar alguna prácticas de control de erosión o para abrir nuevas parcelas agrícolas.
Debido a la incidencia de todos estos factores, Echinocereus schmollii es una especie en peligro de extinción, y así está catalogada en la Norma Oficial Mexicana que determina la protección de las especies nativas de México y sus categorías de riesgo.
